Borxhet e vjetra të Flamurtarit janë të shumta. Administratori Sinan Idrizi duhet të paguajë shuma të konsiderueshme edhe për periudhën që ai nuk e ka pasur klubin në administrim. Deri më tani ka shlyer disa borxhe dhe ka kërkuar që Bashkia t’i kthejë paratë mbrapsht.
Momentalisht në Gjykatën e Lartë Flamurtari pret të përballet me fizioterapistin Ervin Kapaj, i cili pretendon se nuk është paguar për periudhën mars-korrik të vitit 2015, kur ishte pjesë e vlonjatëve. Jo vetëm kaq, por ai kërkon që t’i paguhen sigurimet shoqërore dhe shëndetësore për periudhën dhjetor 2014-korrik 2015.
Prej datës 18 qershor, nga Gjykata e Shkallës së Parë Vlorë, çështja ka kaluar në Gjykatën e Lartë. Në objektin e padisë thuhet: “Detyrimin e të paditurit t’i paguaje paditësit pagat e muajve Mars, Prill, Maj, Qershor, Korrik 2015 në shumën 12 500 euro si dhe kamata ligjore deri ditën e ekzekutimit të vendimit. Detyrimin e të paditurit t’i paguajë paditësit kontributet e papaguara për sigurimet shoqërore dhe shëndetësore për muajt Dhjetor 2014 – Korrik 2015 etj”.