Shkëndija kaloi bindshëm HJK Helsinkin në turin e dytë në Europa League dhe krejt papritur mëson se në turin e tretë do të përballet me lituanezët e Trakait, që eliminuan bujshëm Norçëpingun e Suedisë, favorit i madh. “Kush është Trakai”, pyesnin pas ndeshjes lojtarët dhe tifozët e Shkëndijës.
Klubi i Trakait u krijua në vitin 2005 me qëllimin e krijimit të kushteve për argëtim dhe sport për fëmijët, të rinjtë dhe shoqërinë në përgjithësi. Në vitin 2006 klubi vendosi që stadiumin ta shtronte me bar artificial. Në atë vit, Trakai filloi të luajë në Ligën e tretë Lituaneze (LFF III Lyga), gjithashtu në vitin 2008 ata luajtën në Sunday Football League të Lituanisë.
Në vitin 2010 Trakai u ngjit në Ligë e dytë (LFF II Lyga) dhe pas një viti saktësisht në vitin 2011, do mund të luanin në Ligën e parë (LFF I Lyga), ku do renditeshin në fund të kampionatit në vendin e 3-të duke fituar gjithashtu mundësinë për të luajtur për të parën herë në Superligën e këtij vendi. Që nga viti 2014, FK Trakai luan në Superligën Lituaneze (A Lyga).
Në sezonin e tyre të parë, ata u renditën në vendin e 4-të. Më 2 korrik 2015, FK Trakai debutoi në raundin kualifikues të UEFA Europa League kundër HB Torshavn të Ishujve Faroe, ku do fitonin me rezultatin e përgjithshëm 7-1. Trakai u eliminua në raundin e dytë kualifikues të Ligës së Europës përballë ekipit qipriot të Apollon Limassol. Në ndeshjen e parë, Trakai humbi 4-0, ndërsa në ndeshjen e dytë barazoi 0-0. Në sezonin 2015-2016, Trakai do shpallej nënkampione e Lituanisë, duke u kualifikuar pastaj në turin e parë të Ligës së Europës. Ky sezon do ishte sezoni më i suksesshëm i rivalëve të Shkëndijës në turin e tretë të Ligës së Europës.